液相制備色譜儀通常都被認為和大容量色譜柱和高流速有關。然而并不是以設備的大小和系統消耗的流動相的多少來決定制備高效液相色譜，而是依據分離目的來決定。分析液相的目的是給一種組份進行定量和定性。制備液相的目的是對產品的單體進行提取和純化。與傳統的純化方法（如蒸餾、萃取）比較，制備液相是一種更有效的分離方法，因此被廣泛應用在樣品和產品的提取和純化上。隨著合成、植化、生化和制藥等領域對高純度組份的需求不斷增加，液相制備色譜儀應用的領域也在迅速的擴大發展。
液相制備色譜儀主要用于如下領域：
1.天然藥物化學、中藥化學
這是國內目前廣泛的使用方法，為了弄清楚植物中的微量有效成分，開放手工色譜柱早已不夠用了，幾乎每個搞天然藥化的實驗室都至少有一臺液相。
2.蛋白純化
相對于前者，蛋白純化的起步要稍微晚一點，但是發展很迅速。同時，由于外國儀器廠家在這個領域的優勢不算太大，目前國內也在這個領域正加快發展。
3.手性化合物制備
這個主要是有機合成和方法學的在用。
4.藥物雜質純化
由于合成工藝并不能做到100%的產率，往往伴有副產品，如何獲得微量的雜質并確定結構和含量，這就得靠液相色譜。
總之，目前有機化學領域里，開放手工柱層析依然是常用的分離手段，也是每個有機試驗人員的技能之一，其在未來很長一段時間里將仍然扮演重要的角色。制備液相已經在天然藥化領域大面積使用。
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